En el segle IV es va donar a Alexandria un petit renaixement científic, il·luminat per la més famosa de totes les dones de ciència fins a Marie Curie. Durant quinze segles es va pensar que Hypatía era l'única dona de ciència en la història. Àdhuc avui dia, per raons que estan més emparentades amb una visió romàntica de la seva vida i la seva mort que amb els seus veritables assoliments, és freqüent que sigui l'única dona esmentada en les històries de les matemàtiques i de l'astronomia. És la primera dona de ciència la vida de la qual està bé documentada. Encara que la majoria dels seus escrits s'ha perdut, existeixen nombroses referència a ells. I a més, va morir en un moment convenient per als historiadors. Va ser l'última científica pagana del món antic, i la seva mort va coincidir amb els últims anys de l'Imperi romà. Com no va haver avenços significatius en matemàtiques, astronomia ni física enlloc del món occidental durant els mil anys següents, ha arribat a simbolitzar la fi de la ciència antiga. La decadència ja existia des de feia diversos segles, però després només van existir la barbàrie i el caos dels anys d'obscurantisme. Entre els historiadors no es posen d'acord en diferents aspectes de la seva vida, sent un d'ells el moment del seu naixement, uns en el 370 D. de C.., mentre uns altres defensen que era una dona molt més vella en el moment de la seva mort (al voltant de 60), establint el seu naixement en l'any 355 D. de C.. AL néixer, la vida intel·lectual d'Alexandria es trobava sumida en una perillosa confusió. L'Imperi romà s'estava convertint al cristianisme, i era molt freqüent que els cristians gelosos només veiessin heretjía i maldat en les matemàtiques i la ciència: "els 'matemàtics' havien de ser destrossats per les bèsties salvatges, o bé cremats vius". Alguns dels pares del cristianisme van ressuscitar les teories sobre una terra plana i un univers en forma de "tabernáculo". Els violents conflictes entre pagans, jueus i cristians van ser afavorits per Teófilo, patriarca d'Alexandria. No era una època propícia per a ser científic ni filòsof.L'assassinat de Hypatia està descrit en l'obra d'un historiador cristià del segle V, Sócrates el Escolástico:
"Tots els homes la reverenciaven i admiraven per la singular modèstia de la seva ment. Per la qual cosa havia gran rancor i enveja en contra seva, i perquè conversava sovint amb Orestes, i es contava entre els seus familiars, la gent la va acusar de ser la causa per la que Orestes i el bisbe (Cyrilo) no s'havien fet amics. Per a dir-lo en poques paraules, alguns atabalats, impetuosos i violents el capità dels quals i guia era Pedro, un lector d'aquesta església, van veure a aquesta dona quan tornava a la seva casa la van arrencar del seu carruatge; la van arrossegar a l'església anomenada Cesària; la van deixar totalment nua; li arrancaren la pell i la carn amb caragols afilats, fins que l'alè va deixar el seu cos; esquarteraren el seu cos; duent els trossos a un lloc anomenat Cinaron i els cremaren fins a convertir-los en cendres "(p. 308).
Els fets van ocórrer al març del 415, just un segle després que els pagans haguessin assassinat a Catalina, una erudita alexandrina cristiana. Els assassins eren "parabolanos", monjos fanàtics de l'església de Sant Cyrilo de Jerusalem, potser ajudats per monjos nitrios. No se sap si Cyrilo va ordenar directament l'assassinat, però almenys va crear el clima polític que va fer possible tan atroços fets. Més tard Cyrilo va ser canonitzat. Orestes va informar de l'assassinat i va sol·licitar a Roma que s'iniciés una investigació. Després va renunciar al seu lloc i va fugir d'Alexandria. La investigació es va posposar repetides vegades per "falta de testimonis" i més tard Cyrilo va proclamar que estava viva a Atenes. El brutal assassinat de Hypatia va marcar el final de l'ensenyament platònic a Alexandria i en tot l'Imperi romà. Amb la difusió del cristianisme, l'aparició de nombrosos cults i el caos religiós generalitzat, l'interès en la astrologia i el misticisme va substituir a la investigació científica. En el 640 els àrabs van envair Alexandria i van destruir el que quedava del Museu. Però encara que Europa ja havia entrat en l'era de l'obscurantisme, la ciència grega va sobreviure en Bizanci i va florir en el món àrab. Encara que la vida de Hypatía va acabar tràgicament, la seva obra va romandre i després Descartes, Newton i Leibniz van estendre el seu treball. Arribant a assoliments extraordinaris per a una dona de la seva època. Els filòsofs la van considerar una dona de gran coneixement i una mestra excel·lent. "Va ser una persona que va dividir a la societat en dues parts: aquells que la consideraven com un oracle de llum, i aquells que la veien com un emissari de les tenebres". (Elbert Hubbard, p. 280.)
El mestre Carl Sagan també ho explica en aquest episodi de la magistral obra "El Cosmos"
